Скажите, если раньше заезжал во Вьетнам по старому паспорту, а данных этого паспорта нет. Что будет, если сейчас отметить, что раньше не приезжал в страну по другому паспорту?

Думаю, что ничего. Ничего не случается, даже если указывать все свои приезды и все паспорта. Мне кажется, они это вообще не принимают во внимание при выдаче виз

ничего не будет, эти графы необязательные, можно вообще не заполнять 😉