Подскажите, пожалуйста, есть ли на Самуи компания, которая может организованно привезти меня в Куала-Лумпур и обратно?

Компании разумеется нет, т. к. это не бордер и не виза. Обычная поездка за пределы страны. Варианты добраться. Авиа: Самуи - Бангкок- КЛ или Сураттани - Бангкок- КЛ (дольше но дешевле, без багажа в одну сторону что-то меньше 4к бат). Наземный транспорт: с Самуи автобус до Сунгай Колок - переход границы - автобус Кота Бару - КЛ. Расписание и цены на автостанции, люди ездили, но по ценам и расписанию не отчитались. С Самуи паром + шатл до жд Сураттани, оттуда поезд до Сунгай Колок, переход границы и дальше до КЛ. Есть еще какие-то басы Самуи - КЛ без пересадок, кроме перехода границы .

С Самуи можно добраться до Хат-яй, а там уже искать минибасы до КЛ.