Подскажите пожалуйста, какой валютой лучше платить в дюти фри Пухкет ? Доллары или баты ?

Та, которая у вас есть. И так, и так можно.

Как правило, во всех дютиках официальный курс. Если остались даты, то лучше ими, если доллары, то ими, но сдачу могут дать батами, если валюты не будет. По карте платить в местной валюте выгоднее.