Скажите, пожалуйста, взяли тур вместо прямых билетов, как турагенту дать знать, что заселение в отель нам не надо?

Можете прямо в аэропорту об этом заявить перед тем, как в автобус рассаживают.

Им пофиг, надо просто уведомить. Ещё вариант — попробовать с доплатой поменять обратные билеты.