Подскажите, пожалуйста, купили тур вместо прямых билетов, каким образом турагенту сообщить о том, что нам заселение в отель не нужно?

Прям в аэропорту можете об этом сказать перед рассадкой в автобус.

Да им без разницы, нужно просто поставить в известность. Еще можно попробовать за доплату обменять обратные билеты.