Подскажите, пожалуйста, можно ли сделать визу в Таиланд на 90 дней, не через Москву?

Можно. Можно оформить турвизу в тайском консульстве во Вьетнам, Малайзия, Камбоджа, Лаос, Польша, Казахстан.