Скажите, реально ли зарегистрироваться онлайн на рейс из Пхукета (Аэрофлот) и потом в аэропорту по электронному билету пройти?

Чартер? Не всегда.

Даже если онлайн зарегистрировался на рейс, на стойку всё равно надо идти.

Онлайн-регистрация есть, но посадочный всё равно на стойке получать.