Подскажите пожалуйста, можно ли зарегистрироваться на рейс с Пхукета онлайн (аэрофлот) и пройти по электронному билету в аэропорту ?

Чартер? Не всегда.

Даже с онлайн регистрацией на рейс Нужно проходить регистрацию на стойке.

Зарегистрироваться можно, но все равно надо к стойке посадочный получить.