Прямые рейсы с Пхукета в Россию от Аэрофлота — это не чартер, верно?

Угу, не чартер.

Если его фрахтует оператор, то скорее всего чартер с определёнными условиями. К примеру, если бы мы брали пакетный тур на Аэрофлоте, то не факт, что нам дали бы бесплатно доп багаж (сильвер). А вот мы купили напрямую у Аэрофлота, и доп багаж по карте сильвер шёл без оплаты.