Подскажите, регистрироваться надо в том жилье, где будешь жить на момент подачи на продление? Или как? Если мы 5 дней были в Хошимине, потом неделю в Муйне, дальше собираемся в Нячанг.

Регистрация в принципе нужна только для продления визы. Смотря где будешь подаваться - там и надо по возможности её делать. Можно через хозяина отеля, можно через спец вьетнамский сайт.