Кто получал бизнес-визу Вьетнама напрямую через работодателя — с вас деньги брали? Если да, то сколько?

Не брали.

Работодателю вы сам крайне нужны, и обычно он оплачивает не только визу, а ещё и билеты и жильё. А вот если кто-то хочет содрать с вас агентские или другие сборы — он заинтересован получить как минимум только эти комиссии, а как максимум ещё и все пошлины и откаты себе… а вам в лучшем случае оформит туристическую eVisa и потом исчезнет.