Подскажите, при перевозке фруктов в корзине из Таиланда а/у Аэрофлот не забирают ли фрукты на таможне?

Нет , не забирают .

Мы вчера летели в Хабаровск, рядом стойки Аэрофлота регистрировали, пассажиры были с корзинами, все норм.