Есть ли какие-то особые проги, чтобы зарегаться на рейс, конкретно у Аэрофлота с Пхукета?

Про программы не в курсе, а я когда брала билеты, сразу места забронировала, и всё, ждать регистрации не нужно. Если онлайн не выходит это сделать, то через колл-центр. С доп багажом так же. Через колл-центр, они ссылку на оплату присылают.

Ну многие заранее покупают конкретное место или тариф включает бесплатный выбор места при покупке билета, и все эти места уже закрыты для выбора.

Можно у Аэрофлота места покупать, когда билет берёшь сразу.

Места можно сразу оплатить, после того как купили билеты. Я так сделала. Купили в октябре билеты, летим в январе.