Лечу Аэрофлотом в Москву, фрукты в багаж можно сдать? Или только в ручную кладь?

Да без вопросов. Лишь бы не дуриан))

Но если есть возможность, то лучше в ручную. Я вёз ананасы и манго в чемодане. Ананасы в результате побились, а манго доехали нормально. Похоже, при погрузке/разгрузке на мой чемодан швырнули другой прямо туда, где ананасы были.

Можно. Даже нужно.