Подскажите, Vat Refund в аэропорту Пхукета уже после регистрации и таможни находится?

Да, но красную печать нужно поставить до того, как сдадите багаж (могут попросить показать вещи) на жёлтых бланках, для этого есть отдельная стойка в зале оформления на рейс, а сами деньги получают уже в зале вылета после прохождения досмотра.