В анкете на визу в Таиланд (подаю в Москве) срок визы указывать 60 или 90 дней? И отель бронировать на 60 или 90 дней, и обратный билет через сколько брать?

Хоть 60, хоть 90 — без разницы. Билеты и проживание соответственно должны быть оплачены на тот срок, что в анкете написан.

90, если планируете остаться все 90 дней.