Можно ли из России напрямую оплатить отель в Таиланде картой UnionPay (без агрегаторов)?

Нет.

Через Букинг иногда выходит дешевле, чем на месте Лично проверял

Привет, я бронировала отель на Agoda.

Картой Мир, Островок, Трипком..... и т.д.