Подскажите, берут ли комиссию когда возвращают налог в аэропорту?

В смысле? Фирмы, которые выдают тк, по дефолту какой-то процент себе оставляют.

Ага, в чеке две суммы, одна итоговая (та что меньше) и будет ваша, её и дадут в аэропорту.