Подскажите, взымается ли комиссия при возврате налога в аэропорту?

Что имеется в виду? Компании выдающие тк по умолчанию удерживают какой-от процент себе.

Да, там в чеке 2 суммы, одна, итоговая (меньше) будет ваша, которую и выдадут в аэропорту.