После визы 45 дней я смогу подать на мульти визу 90 дней?

В любой момент. Но все равно каждая новая виза на границе штампуется. Но подать и дождаться одобрения можно в любом месте. Не обязательно торчать в загранице в ожидании eVisa. В правилах eVisa написано что нужно быть вне вьетнама , но фактически за все время её существования не было ни единого отказа из-за этого.