Подскажите, пожалуйста, как самостоятельно спланировать поездку на Рачу с ночёвкой?

взять сутки проживания в каком-нибудь отеле, трансфер уже включён. По поводу бюджетного жилья - не в курсе, возят ли они на лодке.

А у вас там есть, где переночевать?

Бронируете отель - и трансфер уже входит. И всё.