Правильно понимаю, что приехав дня на три на Пхи-пхи, можно самому с пирса уезжать на острова и соотвественно на пирсе расплачиваться? Или все-таки придется там какие-то экскурсии по островам покупать?

Просто выгоднее покупать «самостоятельные» передвижения не на пирсе, а как раз в экскурсионных) Просто покупаете не тур на лодке, а паром туда-обратно. Причем обратно продают обычно с «открытой датой», то есть когда хотите, тогда и уплывете.