Верно ли я понимаю, что если приехать на Пхи-Пхи дня на три, то можно с пирса самому уезжать на острова и там же на пирсе рассчитываться? Или всё же придётся брать какие-то экскурсии по островам?

Просто выгоднее брать «самостоятельные» поездки не на пирсе, а как раз в экскурсионных) То есть покупаете не тур на лодке, а паром туда-обратно. Причём обратно обычно продают с «открытой датой» — когда захотите, тогда и уплывёте.