При бронировании обратного билета, куда лучше? Из Таиланд в третью страну или в свою? Имеет ли это какое-то значение для сотрудников на всех этапах?

Не имеет.

Я вот, например, планирую сделать бронь из Бангкока в Куала-Лумпур. Но в 2020 уже посещал Тай, а затем через 30 дней уехал в Малайзию, то есть у меня об этом штампы в паспорте. Это может выглядеть мутно для какого-то из "таможенников", или всем все равно?