При оформлении электронной визы указывал место прилета аэропорт Нячанге, а в итоге полетим из Куала-Лумпун и рейсы только через Хошимин. Насколько это критично?

Только, что человек писал, что поставили штамп 15 суток в подобном случае. Если успеете, делайте новую визу.

Не особо критично, прямые рейсы из КЛ в Камрань тоже есть.

Не критично. Главное что бы и пункт въезда и пункт выезда поддерживали (были в списке выбора) eVisa. Например аэропорт ДаЛат таким не является. А камрань и сайгон все ok.