При перелете чартером Аэрофлота на Пхукет у них до бизнес класса можно повысить билет? Туроператор говорит, что бизнес-класс не предусмотрен, хотя судя по борту, который туда совершает перелет, бизнес у них есть.

Потому что это не чартер.

Туроператор продаёт Вам проживание. И отдельно билеты регуляром (Аэрофлот). Все это упаковывает в тур. До бизнеса вы можете апнуть или милями или за деньги в ЛК или на стойке (при наличии свободных мест). Такое улучшение не даст Вам права посещения бизнес зала. Однако, нужно понимать, что не все тарифы эконома разрешают апгрейд. Посмотрите Ваш билет и тариф, сайт Аэрофлота Вам поможет. И да - рассмотрите класс «комфорт». Он ненамного дороже эконом оптимум, однако кресла там куда удобнее и питание из бизнес класса.