При просрочке подачи уведомления о нахождении больше 90 дней (ТМ 47) будет штраф? И обязательно ли подавать это уведомление?

Будет , при подаче следующего уведомления. Нужно подавать, если вы планируете делать продление визы. Если просто выехать, то можно не делать.