При стыковке в Нячанге собираемся выйти в город, то есть покинем транзитную зону. Придётся ли снова проходить паспортный контроль (авиакомпания та же)?

Да. А стыковка в какой стране?)

Надо. Даже если вышли всего лишь покурить на пару минут) вы покинули "чистую зону", а что вы делали за пределами здания — никому не известно. Соответственно, со стороны аэропорта: вы можете пронести в аэропорт что-то запрещённое или вообще кто-то другой захочет пройти вместо вас, поэтому вам придётся заново проходить досмотр и паспортный контроль.

Конечно, нужно. Хоть одна а/к, хоть две. Второй раз паспортный не нужен только если дальше летите внутренним рейсом

Если покидаете страну (то есть летите в другую страну), то нужно. Если внутренним рейсом, то не нужно.