При стыковке в Нячанге хотим выйти в город, то есть покинем транзитную зону. Нужно будет проходить повторно паспортный контроль (авиакомпания одна) ?

Да. Стыковка в какой стране?)

Нужно. Даже если вышли просто покурить на пару мин) вы покинули "чистую зону" что вы делали за пределами здания никто не знает. Соответственно со стороны аэропорта: вы можете в аэропорт пронести что-то запрещающее или вообще кто-то другой соберется пройти в место вас, поэтому вам нужно заново проходить осмотр и паспортный контроль.

Естественно, нужно. Хоть одна а/к, хоть две. Не нужно второй раз проходить паспортный только в том случае, если дальше летите внутренним рейсом

Если покидаете страну (то есть летите в другую страну), то нужно. Если внутренним рейсом, то не нужно.