При заселении отель заявил о комиссии 4% при оплате картой. Это теперь распространенная практика?

Нет, частный случай.

Всегда была такая. Эквайринг дорогой.

Они платят за обслуживание банком таких проводок, поэтому и идет удорожание. Такой вот бизнес)