Прилетаем в Бангкок с Вьетнама, регулярным рейсом. После летим, до Пхукете. Оттуда в начале июня хотим улететь в Казахстан чартером. Есть смысл рисковать или могут отказать в регистрации?

Сами ответили на свой вопрос. Есть риск. Недавно 15 человек не посадили на чартер в Алмату. Решать вам.

Пишите запрос в DCA заранее в свободной форме, должны разрешить вылет. Что такое DCA, гуглите сами. Первый линк в гугле.