Прилетел я на Пхукет чартером аэрофлот, хочу улететь чартером другой авиакомпании, меня что на рейс не пустят ?

Нет, чартером нельзя

Если прилетели регулярным рейсом, то и вылетать должны регулярным рейсом

Нет не можете, только любым регулярным рейсом!