Приехали в Бангкок, вечером на Самуи, как быть с визой? Просто штамп в Бангкоке и все?

Границу пересекли, штамп в паспорт поставили — этого хватает.

А в чём собственно вопрос? Вы уже в Бангкоке штамп получили: 45 дней можно жить спокойно. Потом — 3600 бат и штамп на 30 (или на 45, если акцию продлят).