В июне прилетели на Пхукет китайскими авиалиниями (регулярка), а назад в Россию подходит только билет чартером Аэрофлота. Тайцы выпустят без проблем?

Могут не выпустить.

У Аэрофлота чартеров нет. Это регулярка, которую продают как чартер.

Если рейс четырёхзначный, вроде su1234, то скорее всего не выпустят. И виноват в этом будете только вы.