Приобрели билеты, а через 2 дня оказалось что жена беременна, летать в первом триместре на сколько я знаю противопоказано. Вопрос следующий: кто-нибудь возвращал невозвратные билеты и как происходила процедура?

Билеты на самолет? По медицинским показаниям можно вернуть. Это лучше у а/к уточнить. Всяко нужна будет справка, что запрещено летать ей, а не просто ваше желание

РФ компания?

Если будет заключение врача с противопоказаниями к полетам, то с ним можете обратится. Но обычно, при хорошем самочувствии и здоровье женщины ничего страшного не произойдет)

Если покупали не напрямую у авиаперевозчика, а через агрегатор, то пишите туда или звоните, если есть телефон горячей линии