Расскажите пожалуйста как мне купить билет до Пхукета с Самуи, смотрю на сайте 12go и так понимаю что нужна местная карта для оплаты.

Почему именно местная? Любая Виза или МС подойдет.

Phantip travel смотрите, в офисе за наличку оплатите) с натона плывет паром - автобус.

Как вариант, доехать до пирса Натона или Липа Нои и купить за наличные в кассе Lomprayah, Seatran или Raja.