Скажите, если вылет из Вьетнама на третий день после окончания визы, штраф будет за просрочку?

Будет.

Будет, у нас взяли за 1-2 дня 1250 с человека.

Естественно. С билетами и паспортом за ранее в имиграшку, ни в коем случае на авось в аэропорту.

Вас скорее всего отправят в миграшку оплачивать штраф.

Идите с билетом и паспортом в миграшку, они вам выпишут штраф, вы оплатите, принесёте квитанцию, они возьмут паспорт и поставят штамп. Иначе в аэропорту с вас могут взять больше.