Скажите если залететь по штампу, а потом слетать в Малайзию на пару дней и оформить визу, пустят во вьетнам?

Оформляйте e-visa прямо сейчас, оно дольше пары дней делается.

Да, пустят, можно даже без е-визы, снова по безвизу (если гражданство РФ).