Скажите подскажите оплачивать за дополнительный багаж на стойке регистрации или где в аэропорту Пхукета?

Да , там вам подскажут . У вас большой перевес ?

В зависимости от АК можно сразу на их сайте купить доп место багажа. А так да, на стойке регистрации.