Подскажите, оплата за доп багаж на стойке регистрации или где-то в аэропорту Пхукета?

Да, там подскажут. У вас перевес большой?

Смотря какая авиакомпания — можно прямо на их сайте докупить багаж. Ну а так да, на регистрационной стойке.