Подскажите, если мы улетим в Малайзию, там неделю проведём и вернёмся в Таиланд, дадут ли новый штамп на 45 дней и что для этого нужно?

Ага, обязаны поставить новый штамп, без вопросов)

Поставят, даже если всего на день слетаете, но обязательно нужен обратный билет из Малайзии и обратный из Таиланда.