Скажите пожалуйста, можно на Самуи на пароме машину перегнать на Пханган?

Конечно, можно. Если в аренде, то нужно разрешение от того, кто дал в аренду. Пусть подтвердит, что можете с острова уезжать на машине.

Напрямую нет таких паромов. Только крюк через материк.

Кажется этот паром был но давно затонул

Легко. Плывете на материк, садитесь на паром до Пангана.