При перелёте одной авиакомпанией со стыковкой в Шанхае можно провозить фрукты с Пхукета до Санкт-Петербурга в багаже?

Можно.

Главное не кладите их в открытые корзинки, ввоз фруктов в Китай запрещён, в чемодане отлично проезжают, таможня даже не интересуется. Если спросят, скажете, что вы транзитом, они обычно отвечают, мол, ладно, только не вынимайте фрукты на территории Китая.