В обычных апартаментах нельзя пересидеть карантин после второго теста? Обязательно опять в отель?

Так для этого и заставляют бронировать отель на 5-й день….

Да. Поэтому и нужно его бронировать. Либо апартаменты у вас должны быть "ша экстра плюс" — тогда можно в них.