Сколько времени нужно закладывать на пересадку с Пхукета (международный рейс Aeroflot) на Самуи (внутренний рейс Bangkok Airways) с учетом того, что нужно получать и заново сдавать багаж и регистрироваться ?

Все зависит от того, будет ли задержка в Москве, вообще и 4 часов хватает без задержек.

Паспортный вопрос. остальное там быстро. я бы заложил 3+ часа.

Пройти паспортный контроль и получить багаж минут 40 от силы, во внутреннем терминале 10-15, лучше покупайте билеты уже по факту приземления на Пхукете, самолёты летают полупустые.