Через пару дней лечу, прививку сделала так, чтобы после прилёта прошло две недели со второго укола. Но после вакцинации заболела, и в сертификате отмечено, что болела. Прививка не аннулируется? На въезде всё нормально будет?

Скачай с госуслуг сертификат о прививке на английском, и всё ок. Там только про вакцину информация.

Привет! Срок действия твоего сертификата станет 6 месяцев вместо года после выздоровления, и сам сертификат сменится с вакцинированного на переболевшего.