У меня куплены билеты на чартер в Таиланд и обратно, но прилетел в Тайланд Аэропортом могу ли я улететь своим чартером обратно , сделали запрос на разрешение прошло 12 дней ответа нет.

Нет, скорее всего.

У меня была аналогичная ситуация прилетели регуляркой в Бангкок, вернулись чартером(чартер был куплен туда и обратно тоже) из Патайи никто ничего не спрашивал, прошли границу нормально, единственное что сделали это то, что турагента просили проверить 10 раз есть ли в списках на вылет чартером, она каждый раз подтверждала Про то, что надо писать письма и ждать разрешение, Вам как физическому лицу никто его не сделает.