Верно ли понимаю, что мы можем въехать во Вьетнам по штампу на 45 дней, несмотря на то формально у нас есть действующая ещё два дня виза? Истекающая виза уже не будет учитываться пограничниками?

Да, всё верно. Я так же делал: 24-го февраля у меня истекала 90-дневная виза. А я 14-го февраля сделал бордер ран через Лаос, где мне поставили штамп 45 дней. Прошлая виза становится недействительной.