Прилетела из Сингапура, билет оформлен на даркон, по нему и пропустили, российский паспорт сказали убрать и въезжать по тому, на который билет.

Проблем быть не должно. У меня тоже два паспорта, заезжал то по российскому, то по другому, никто ни разу ничего не спросил. Не знаю, видят ли они в системе, что это один и тот же человек — по идее, по отпечаткам должны. Но вообще вы могли сразу по российскому въехать — неважно, на какой билет куплен.