Вернулась из Сингапура, билет был взят на даркон, по нему и впустили, русский паспорт строго велели убрать и въезжать по тому, на который билет.

Не должно быть. У меня тоже два паспорта, въезжал иногда по российскому, иногда по другому, ни разу никто ничего не спрашивал. Не знаю, видят ли они в системе, что человек тот же самый - по идее, по отпечаткам должны. Но вообще вы могли сразу въезжать по российскому - не важно, на какой куплен билет.