Реально ли улететь внутренним рейсом по Таиланду без оригинального паспорта? И заселиться в отель? Паспорт в это время будет в миграционке.

Если на руках справка о том, что паспорт находится в миграционном офисе, то можно.

При наличии тайских прав всё это проделывается по правам, паспорт показывать не надо.