Вот такой вопрос: если я сейчас во Вьетнаме по безвизу и делаю визу, надо ли выезжать и заезжать обратно по визе, или когда безвизовый срок кончится, виза сама включится?

В любом случае выезжать придётся, даже если получится оформить визу прямо из Вьетнама, хотя это, кстати, не так-то просто. Но в миграционке они ничего такого не делают, она активируется только на границе при новом въезде