я могу после вьезда через Ханой передвигаться по Вьетнаму свободно? летать внутренними рейсами?

Конечно. Так как при пересечении границы в Ханое, ваша евиза активируется. В том то и речь, что в Ханое прилёт в международный терминал, а вылет в Дананг из местного.