На Пхи Пхи лучше брать экскурсию или самостоятельно ехать?

Если есть возможность остаться на ночь, то лучше самому

Зависит от ваших целей и предпочтений: можно и так и так. Учтите, что путь туда-обратно займёт около двух часов, а последние кораблики уходят с ПхиПхи в 15:30.