На Пхи Пхи лучше брать экскурсию или самостоятельно ехать?

Если есть шанс переночевать там, то лучше своими силами

Смотря какие у вас планы и предпочтения: можно и так, и этак. Имейте в виду, что дорога в обе стороны займёт примерно два часа, а последние лодки с ПхиПхи отправляются в 15:30.